退火温度与tm值的关系（退火温度取决于）
- 作者: 佚名
- 2023年11月28日 17:55:10
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1...退火温度怎么设置,退火温度和Tm值之间有怎么样的关系?谢谢...
优化退火温度最好的方法是设置一系列对照反应，即通过在低于计算出的引物Tm值2-10度的温度范围内，进行退火的一系列平行反应来确定最佳退火温度。也可以通过touch down pcr来设定退火温度，得到最佳退火温度。
不同的PCR MIX所设置的退火温度是不一样的，有的比最低Tm值低5℃，有的低3℃，请你参考你所买的PCR MIX的说明书，上面肯定有详细说明。一般PCR比最低Tm值低1-5℃，都没什么问题。
退火温度与引物的TM值的关系主要和DNA聚合酶与其buffer有关。有些退火温度要比TM低5度、3度，有些还会高3度，有些是一模一样的。主要参考不同公司所生产的DNA聚合酶的说明书。
在设置退火温度：低于估算的Tm5℃作为起始的退火温度，以2℃为增量，逐步提高退火温度。较高的退火温度会减少引物二聚体和非特异性产物的形成。为获得最佳结果，两个引物应具有近似的Tm值。
可以通过分析几个逐步提高退火温度的反应以提高特异性。开始低于估算的Tm5℃，以2℃为增量，逐步提高退火温度。较高的退火温度会减少引物二聚体和非特异性产物的形成。为获得最佳结果，两个引物应具有近似的Tm值。
我用primer 5设计出来的Tm值从来都是直接当退火温度用。用引物primer-blast的话我都是直接贴序列上去。
2PCR反应退火温度的高低与什么因素有关
退火温度是影响PCR反应特异性的重要因素。引物与模板复性所需要的退火温度取决于引物的长度、碱基组成及其浓度。引物长度越短，引物中G+C的含量越低，所需的退火温度越低。
退火(复性)温度与时间：退火温度是影响PCR特异性的较重要因素。变性后温度快速冷却至40℃～60℃，可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。
②退火(复性)温度与时间：退火温度是影响PCR特异性的较重要因素。变性后温度快速冷却至40℃～60℃，可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。
退火温度低于引物Tm值5 ℃左右，一般在45～55℃。退火温度需要从多方面去决定，一般根据引物的Tm值（Tm值=4(G+C) +2(A+T)）为参考，根据扩增的长度适当下调作为退火温度。然后在此次实验基础上做出预估。
引物退火温度是影响PCR的主要因素之一，一般来说每个引物都对应着各自的退火温度。影响：以文献作参考，在一定的温度范围内，退火温度越高，扩增的特异性也就越高。退火温度越低，扩增产物的特异性也就降低。
3pcr过程中退火温度是什么决定的
1、退火温度是影响PCR反应特异性的重要因素。引物与模板复性所需要的退火温度取决于引物的长度、碱基组成及其浓度。引物长度越短，引物中G+C的含量越低，所需的退火温度越低。
2、退火温度需要从多方面去决定，一般根据引物的Tm值（Tm值=4(G+C) +2(A+T)）为参考，根据扩增的长度适当下调作为退火温度。然后在此次实验基础上做出预估。退火温度对PCR的特异性有较大影响。
3、退火(复性)温度与时间：退火温度是影响PCR特异性的较重要因素。变性后温度快速冷却至40℃～60℃，可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。
4、这是当50％的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度.Tm对于设定PCR退火温度是必需的。在理想状态下，退火温度足够低，以保证引物同目的序列有效退火， 同时还要足够高，以减少非特异性结合。合理的退火温度从55℃到70℃。
5、通常来说，退火温度是由引物的GC%含量决定的，但是反应体系的条件改变也会影响引物的退火温度(如Mg，Na等离子浓度)。
4退火的温度选择决定于引物的碱基序列?
1、引物与模板复性所需要的退火温度取决于引物的长度、碱基组成及其浓度。引物长度越短，引物中G+C的含量越低，所需的退火温度越低。虽然降低退火温度可能增加扩增产量，但引物与模板间的错配现象也会增多，导致非特异性扩增上升。
2、这是当50％的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度.Tm对于设定 PCR退火温度是必需的。在理想状态下，退火温度足够低，以保证引物同目的序列有效退火， 同时还要足够高，以减少非特异性结合。
3、由于引物与DNA模板互补，当反应温度降低到50-65℃时，引物会与模板序列匹配，互补碱基之间形成氢键。退火温度取决于所用引物的Tm，一般比引物Tm低3-5℃左右。
4、由于模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。退火温度与时间，取决于引物的长度、碱基组成及其浓度，还有靶基序列的长度。
5、退火温度是指引物和模板结合时候的温度参数，当百分之50的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度。它是影响PCR特异性的较重要因素。
5pcr中退火温度为什么要低于引物tm值
从原理角度分析，在Tm值的温度下，引物只能1半与模板DNA结合，低几度就全结合上去了。PCR扩增时需要引物完全结合到模板上才行。
退火温度是影响PCR反应特异性的重要因素。引物与模板复性所需要的退火温度取决于引物的长度、碱基组成及其浓度。引物长度越短，引物中G+C的含量越低，所需的退火温度越低。
退火温度与引物的TM值的关系主要和DNA聚合酶与其buffer有关。有些退火温度要比TM低5度、3度，有些还会高3度，有些是一模一样的。主要参考不同公司所生产的DNA聚合酶的说明书。
一般来说，较低的退火温度可以提高pcr反应的敏感性但特异性较差；而较高的退火温度则可以提高pcr的特异性但却降低了扩增效率。通常引物与模板的退火温度在45-55度。
引物的另一个重要参数是熔解温度（Tm）。这是当50％的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度.Tm对于设定 PCR退火温度是必需的。
退火温度低于引物Tm值5 ℃左右，一般在45～55℃。退火温度需要从多方面去决定，一般根据引物的Tm值（Tm值=4(G+C) +2(A+T)）为参考，根据扩增的长度适当下调作为退火温度。然后在此次实验基础上做出预估。
本文到此结束，希望对大家有所帮助。
